Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Ευρωπαϊκής Ένωσης και Διεθνών Σχέσεων είναι οι ακόλουθοι:

• Η πληρέστερη και αποτελεσματικότερη διαμόρφωση των ελληνικών θέσεων αρμοδιότητας του Υπουργείου Οικονομικών στο πλαίσιο της προετοιμασίας των φακέλων για όλα τα ευρωπαϊκά και διεθνή όργανα στα οποία το Υπουργείο συμμετέχει.
• Η ενεργή εκπροσώπηση και συμμετοχή σε ευρωπαϊκούς και διεθνείς οργανισμούς, όργανα και επιτροπές που το Υπουργείο Οικονομικών συμμετέχει και η παρακολούθηση των ευρωπαϊκών εξελίξεων επί θεμάτων αρμοδιότητας του Υπουργείου Οικονομικών.
• Ο αποτελεσματικός συντονισμός σε εθνικό επίπεδο των εθνικών δικτύων και μηχανισμών διακυβέρνησης της Ε.Ε. για ζητήματα αρμοδιότητας Υπουργείου Οικονομικών και η ενεργή συμμετοχή στη διαμόρφωση και εφαρμογή νέων κοινοτικών δράσεων και δικτύων διευρωπαϊκής συνεργασίας. 

Η Διεύθυνση Ευρωπαϊκής Ένωσης και Διεθνών Σχέσεων διαρθρώνεται σε τέσσερα (4) Τμήματα, ως κατωτέρω: 

• Τμήμα Α΄ - Οικονομικών και Δημοσιονομικών Υποθέσεων της Ε.Ε. 
• Τμήμα Β΄- Προϋπολογισμού Ε.Ε.
• Τμήμα Γ΄- Οριζόντιων Πολιτικών Ε.Ε.
• Τμήμα Δ’ – Διεθνών Σχέσεων